rozdiel moze byt v tom, ze na win mas NTFS filesystem a na NAS mas pravdepodobne EXT3-4 a cez SMB to vies pristupovat z Win.
Len napr. nechapem, preco spajas subory do jedneho a potom rucne porovnavas ? Ved si sprav script a pouzi cmd "comp" a vypise ti rozdiely v nazve aj velkost atd.
[ Link ]